Tromsø Havn er en av Norges største fiskerihavner, cruisehavner og et viktig logistikknutepunkt i Nord-Norge. Målet er også å bli den foretrukne havn for energi, havbruk og andre vekstnæringer. Tromsø Havns viktigste oppgaver er å fremme sjøtransporten, legge til rette for bedrifter med maritim tilknytning, forvalte, drifte og utvikle våre havneområder i sentrum, Breivika og på Grøtsund.
- Sentrumshavna
Sentrumshavna er på sørøstsiden av Tromsøya. Hovedtyngden av passasjertrafikken foregår på Prostneset. Hurtigruter, hurtigbåter og cruiseskip legger til kai her. Prostneset er et viktig distribusjonssted for gods som skal videresendes med Hurtigruten til Finnmark. Gjestebrygger for fritidsbåter tilbys i indre havn. En ny passasjer- og godsterminal åpnes på Prostneset sommeren 2018. - Breivika havneområde
Breivika havneområde er på nordøstsiden av Tromsøya. Det meste av godsaktiviteter foregår her. Flere logistikkaktører og bedrifter som tilbyr tjenester til fiskeri- og havbruksflåten, er lokalisert på havneområdet. En rekke cruiseskip legger også til kai her. Nord i Breivika er ei ny fiskerihavn under utvikling. - Grøtsund havneområde
Grøtsund havneområde er nord på fastlandssiden av Tromsøya. Det er satt av til vekst innenfor maritim-, sjømat- og energinæringene. Bare en liten del av det totale arealet på 1 500 mål er bygd ut. Havneområdet benyttes for tiden til henholdsvis montering av laksemerder og landligge for flytende hotell.